$(1)$证明:∵$E$为$BC$的中点,∴$BE=EC$
由折叠的性质得$B'E=BE$,$∠BEA=∠B'EA$
∴$B'E=EC$,∴$∠EB'C=∠B'CE$
∵$∠BEB'=∠EB'C+∠B'CE$
∴$∠BEA=∠B'CE$,∴$AE//B'C$
$(2)$解:连接$BB'$,交$AE$于$AD$点$H$,如图
∵$BC=6$,$E$为$BC$的中点,∴$BE=3$
又∵$AB=4$,∴$AE=\sqrt {AB²+BE^2}= \sqrt {4²+3²}=5$
∵$S_{△ABE}=\frac {1}{2}AB · BE=\frac {1}{2}AE · BH$
∴$BH=\frac {AB · BE}{AE}=\frac {4×3}{5}=\frac {12}{5}$,则$BB'=\frac {24}{5}$
∵$B'E=BE=EC$
∴$∠EBB'=∠EE'B$,$∠EB'C=∠ECB'$
∵$∠EBB'+∠EB'B+∠EB'C+∠ECB'=180°$
∴$∠EB'B+∠EB'C=90°$,∴$∠BB'C=90°$
∴$B'C=\sqrt {BC²-B'B²}= \sqrt {6²-(\frac {24}{5})^2}=\frac {18}{5}$