$(1)$证明:∵$AE$平分$∠CAB$,∴$∠CAE=∠BAE$
∵$CE⊥AE$,∴$∠AEC=∠AED=90°$
在$△AEC$和$△AED$中
$\begin {cases}{∠CAE=∠DAE}\\{AE=AE}\\{∠AEC=∠AED}\end {cases}$
∴$△AEC≌△AED(\mathrm {ASA})$,∴$CE=DE$
$(2)$解:在$Rt△BC$中,∵$AC=6$,$BC=8$
∴$AB=\sqrt {AC²+BC²}= \sqrt {6²+8²}=10$
∵$△AEC≌△AED$,∴$AD=AC=6$,∴$BD=AB-AD=4$
∵$E$为$CD$的中点,$F $为$BC$的中点,∴$EF=\frac {1}{2}BD=2$