解: (1) 因为方程$(a + 3)x^{2}+3x + a^{2}-9 = 0$是一元二次方程,所以$a + 3\neq0,$解得$a\neq - 3。$
因为该方程有一个根为$0,$所以$a^{2}-9 = 0,$解得$a=\pm3,$所以实数$a$的值为$3。$
(2) 把$a = 1$代入$(a + 3)x^{2}+3x + a^{2}-9 = 0,$得$4x^{2}+3x - 8 = 0,$
所以$4x^{2}+3x = 8,$所以$x^{2}+\frac{3}{4}x = 2,$
所以$x^{2}+\frac{3}{4}x+(\frac{3}{8})^{2}=2+(\frac{3}{8})^{2},$
所以$(x+\frac{3}{8})^{2}=\frac{137}{64},$
所以$x+\frac{3}{8}=\pm\frac{\sqrt{137}}{8},$
所以$x_1=\frac{\sqrt{137}-3}{8},x_2=-\frac{\sqrt{137}+3}{8}。$