解:连接$OA,$$OC,$$OD.$因为正三角形$ABC$内接于$\odot O,$所以$\angle AOC=\frac{1}{3}\times360^{\circ}=120^{\circ}.$因为$AD$是$\odot O$的内接正十二边形的一边,所以$\angle AOD=\frac{1}{12}\times360^{\circ}=30^{\circ},$所以$\angle COD=\angle AOC - \angle AOD=90^{\circ}.$设$\odot O$的半径为$r,$则$OC = OD = r,$所以$CD=\sqrt{OC^{2}+OD^{2}}=\sqrt{2}r.$因为$CD = 6\sqrt{2},$所以$\sqrt{2}r = 6\sqrt{2},$解得$r = 6.$故$\odot O$的半径为$6.$