(1)证明:如图,过点$D$作$DF\perp AC$于点$F。$
因为$\angle ABC = 90^{\circ},$所以$AB\perp BC。$
因为$CD$平分$\angle ACB,$所以$BD = DF。$
因为$BD$是$\odot D$的半径,所以$DF$是$\odot D$的半径,所以$AC$与$\odot D$相切。
(2)解:设$\odot D$的半径为$x。$
因为$\angle ABC = 90^{\circ},$$BC = 3,$$AC = 5,$根据勾股定理$AB=\sqrt{AC^{2}-BC^{2}}=\sqrt{5^{2}-3^{2}} = 4。$
因为$AC$与$\odot D$相切,所以$BC = CF = 3,$所以$AF=AC - CF = 2。$
因为$AB = 4,$所以$AD=AB - BD = 4 - x。$
在$Rt\triangle AFD$中,根据勾股定理$AD^{2}=DF^{2}+AF^{2},$即$(4 - x)^{2}=x^{2}+2^{2}。$
展开得$16-8x+x^{2}=x^{2}+4,$
移项得$16 - 4=8x,$
解得$x=\frac{3}{2}。$
所以$AE=AB - BE=4 - 2x=4 - 2\times\frac{3}{2}=4 - 3 = 1。$