解:(1)设每千克核桃应降价$x$元。
根据题意,得$(60 - x - 40)(100+\frac{x}{2}×20)=2240,$
化简得$(20 - x)(100 + 10x)=2240,$
展开得$2000+200x-100x-10x^{2}=2240,$
即$-10x^{2}+100x - 240 = 0,$
两边同时除以$-10$得$x^{2}-10x + 24 = 0,$
因式分解得$(x - 4)(x - 6)=0,$
则$x - 4 = 0$或$x - 6 = 0,$
解得$x_1 = 4,$$x_2 = 6。$
答:每千克核桃应降价$4$元或$6$元。
$(2)$由$(1),$可知每千克核桃可降价$4$元或$6$元。
因为要尽可能让利于顾客,
所以每千克核桃应降价$6$元。
此时每千克的售价为$60 - 6 = 54$(元),$\frac{54}{60}×100\% = 90\%。$
答:该专卖店应按原售价的$9$折出售核桃。