$解:∵∠B=90°,AB=3\sqrt {3}, ∠ACB=30°,$
$∴AC=6\sqrt {3}, ∠BAC=60°.\ $
$∵∠EAC=∠ECA=30°,$
$∴ ∠BAE=30°,$
$∴AE=2BE.$
$又AB²+ BE²=AE²,$
$即(3\sqrt {3} )²+BE²=(2BE)²,$
$∴BE=3,AE=6.\ $
$要使△AEQ是直角三角形,$
$则∠AEQ=90°或∠AQE=90°.\ $
$当∠AQE=90°时,如图②,$
$∵ ∠CAE=30°,$
$∴∠AEQ=60°.\ $
$又∠AEB=2∠ECA=60°,$
$∴∠QEC=180°-∠AEB-∠AEQ=60°.$
$由对称知∠QEF=∠CEF=\frac{1}{2} ∠QEC=30°=∠FCE,$
$∴ CF=EF.\ $
$∵∠CAE=30°,∠AEF=∠AEQ+∠ QEF=90°,$
$∴AF=2EF=2CF,$
$∴AC=3CF,$
$∴CF=\frac{1}{3} AC=2\sqrt {3} .\ $
$当∠AEQ=90°时,过点F作FM⊥BC于M,FN⊥EP于N,如图③,则FM=FN,$
$∵∠AEQ=90°,∠CAE=30°,$
$∴AQ=2EQ.$
$又AE²+EQ²=AQ²,$
$即6²+EQ²=(2EQ)²,$
$∴EQ=2\sqrt {3} ,AQ=4\sqrt {3} ,$
$∴CQ=2\sqrt {3} .$
$设CF=x,则QF=2\sqrt {3} -x.$
$FM=\frac {1}{2}x,$
$∵∠PQC=∠QEC+∠QCE=60°,∠FNQ=90°,$
$∴∠QFN=30°,$
$∴QN=\frac{1}{2} QF=\frac{1}{2}(2\sqrt {3} -x),$
$FN=\sqrt {QF²-QN²} =\frac{\sqrt{3}}{2}(2\sqrt {3} -x),$
$∴\frac{\sqrt {3} }{2}(2\sqrt {3} -x)=\frac {1}{2}x ,$
$解得x=3\sqrt {3} -3,$
$即CF=3\sqrt {3} -3.$
$综上,CF的长为2\sqrt {3} 或3\sqrt {3} -3.\ $