解:$(1)$点$M$在数轴上表示的数为$-20+3×3=-11$,
点$N$在数轴上表示的数为$12-2×3=6$,
∴点$M$,$N$之间的距离为$6-(-11)=17$
$(2)$设经过$x$秒,点$M$到原点$O$的距离是点$N$到原点$O$的距离的两倍
$①$两点都没有到达原点$O$时,
此时点$M$到原点$O$的距离为$20-3x$,点$N$到原点$O$的距离为$12-2x$
则$20-3x=2(12-2x)$,解得$x=4$
$②$点$N$经过原点$O$,点$M$没有到达原点$O$时
此时点$M$到原点$O$的距离为$20-3x$,点$N$到原点$O$的距离为$2x-12$
则$20-3x=2(2x-12)$,解得$x=\frac {44}{7} $
$③$两点都经过原点$O$时
此时点$M$到原点$O$的距离为$3x-20$,点$N$到原点$O$的距离为$2x-12$
则$3x-20=2(2x-12)$,解得$x=4$,不合题意,舍去
∴经过$4$秒或$\frac {44}{7}$秒,点$M$到原点$O$的距离是点$N$到原点$O$的距离的两倍