解:(1)设垂直于墙的边长为$x$米,围成的矩形面积为$S$平方米,则平行于墙的边长为$(120 - 3x)$米。
根据题意,得$S = x(120 - 3x) = -3x^2 + 120x = -3(x^2 - 40x) = -3(x^2 - 40x + 400 - 400) = -3((x - 20)^2 - 400) = -3(x - 20)^2 + 1200。$
因为$-3 < 0,$所以当$x = 20$时,$S$取最大值$1200。$
此时$120 - 3x = 120 - 3×20 = 60。$
所以垂直于墙的边长为$20$米,平行于墙的边长为$60$米,花园面积最大为$1200$平方米。
(2)设购买$m$株牡丹,则购买$1200×2 - m = (2400 - m)$株芍药。
因为学校计划购买费用不超过$5$万元,$5$万元$ = 50000$元,
所以$25m + 15(2400 - m) \leq 50000,$
展开得$25m + 36000 - 15m \leq 50000,$
移项合并得$10m \leq 50000 - 36000,$
即$10m \leq 14000,$
解得$m \leq 1400。$
所以最多可以购买$1400$株牡丹。